Przez długi czas pobojowisko pod Midway zdawało się nikogo nie interesować. Pierwszą próbę dotarcia do leżących tam wraków podjął w 1998 roku Robert Ballard. Poszukiwania zwieńczone zostały tylko częściowym powodzeniem - udało się zlokalizować i sfotografować wrak lotniskowca Yorktown, jednak nie trafiono na żaden z lotniskowców japońskich ani na szczątki niszczyciela Hammann. Najwięcej trudności sprawiały nieprecyzyjne dane na temat pozycji ich zatonięcia, które zmusiły do podjęcia poszukiwań na szczególnie dużym obszarze, oraz zapewne brak czasu na dłuższe prace - nawet przy ówczesnych technikach poszukiwawczych znalezienie na dnie obiektu tak wielkiego, jak lotniskowiec, zależało zasadniczo tylko od liczby przeznaczonych na to godzin, i to nawet przy głębokości rządu pięciu kilometrów. Drugie podejście miało miejsce już rok później (Nauticos), ale doprowadziło ono tylko do odnalezienia drobnego fragmentu konstrukcji, należącego do lotniskowca Kaga. Przełom nastąpił w 2019 roku, gdy załoga RV Petrel odnalazła wraki lotniskowców Kaga i Akagi, jednak na powrót do Yorktowna (który był planowany), nie starczyło już czasu.

USS Yorktown jest w zdumiewająco dobrym stanie. Okręt opadł na dno w całości, prostując się po drodze i lądując niemal na równej stępce, z przechyłem około 20 stopni na prawą burtę. Znajduje się na głębokości 5075 metrów. Nie jest obrośnięty okazami podmorskiego życia ani okryty festonami rdzy (jak Titanic). Brakuje wind lotniczych, komina oraz masztu, poza tym jednak można odczytać nawet nazwę wymalowaną na rufie. Dają się też zauważyć zniszczenia, których Yorktown doznał w ostatniej walce - uszkodzenie pokładu oraz dziury wybite przez torpedy okrętu podwodnego.

Kolejna wizyta na wraku USS Yorktown miała miejsce dopiero 9 września 2023 roku - w wykonaniu ekipy pod patronatem Roberta Ballarda, działającej z pokładu N/V Nautilus, należącego do Ocean Exploration Trust. Zaowocowała ona w pierwszym rzędzie transmisją na żywo z oględzin znaleziska, co pokazuje w pewien sposób, jak wiele zmieniło się technologicznie od 1998 roku w dziedzinie podmorskich poszukiwań (Nautilus rutynowo udostępnia takie przekazy). Materiał sugeruje, że wrak nie uległ przez ostatnie dwadzieścia pięć lat szczególnej degradacji, zdaje się wyglądać niemal tak samo, jak podczas pierwszej wyprawy.